p.5
Protein Purification Techniques
¿Qué ocurre en el segundo paso de la electroforesis bidimensional?
Las proteínas con puntos isoeléctricos similares se separan aún más según sus pesos moleculares.
p.1
Optical Activity in Amino Acids
¿Cuál de los 20 aminoácidos estándar no es ópticamente activo?
Glicina; su cadena lateral es un átomo de hidrógeno.
p.13
Homologs, Paralogs, and Orthologs
¿Qué indica la presencia de secuencias de firma en un grupo taxonómico?
Indica una relación funcional y evolutiva entre las proteínas de ese grupo.
p.6
Protein Structure Levels
¿Cuál es un método utilizado para prevenir que los enlaces disulfuro interfieran con los procedimientos de secuenciación de proteínas?
C) Reducir los puentes disulfuro y prevenir su re-formación mediante la modificación adicional de los grupos —SH.
p.11
Protein Purification Techniques
¿Por qué aumenta la actividad específica de una proteína purificada aunque disminuyan la cantidad total de proteína y la actividad?
Porque se pierde más proteína contaminante que la proteína purificada, aumentando su proporción en la mezcla.
p.4
Protein Structure Levels
¿Qué es un grupo prostético en una proteína conjugada?
Es una parte de la proteína que no está compuesta de aminoácidos.
p.8
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Cómo confirma la forma de la curva de titulación que la mayor capacidad de amortiguamiento de un aminoácido está alrededor de sus pK?
La curva se nivela en un rango alrededor de los pKa, indicando que cualquier adición de base o ácido resulta en el menor cambio de pH.
p.5
Protein Purification Techniques
¿Qué permite el SDS durante la electroforesis de proteínas?
Separar proteínas exclusivamente en función de su peso molecular.
p.5
Protein Structure Levels
¿Cómo se define la actividad específica de una enzima?
Es la actividad (unidades enzimáticas) en un miligramo de proteína.
p.11
Protein Purification Techniques
¿Cómo se determina la actividad específica de una solución enzimática?
Se mide la tasa inicial de formación del producto A a partir del sustrato B y se divide por la concentración total de proteína.
p.3
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Cuál es la carga neta total de un tetrapéptido en el pH isoeléctrico?
C) la carga neta total es cero.
p.12
Protein Structure Levels
¿Cuál es la diferencia principal entre la síntesis química de polipéptidos y la síntesis en células vivas?
La síntesis química va del extremo carboxilo al amino, mientras que en las células vivas va del extremo amino al carboxilo.
p.7
Protein Structure Levels
¿Qué describe el término 'proteoma'?
El complemento de proteínas codificadas por el ADN de un organismo.
p.2
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Por qué se consideran los aminoácidos como anfóteros?
Porque pueden funcionar como un ácido o una base.
¿Cuál es la afirmación correcta sobre los aminoácidos aromáticos?
A base de mol, el triptófano absorbe más luz ultravioleta que la tirosina.
p.10
Mass Spectrometry in Protein Analysis
¿Qué dificultad presenta la electroforesis en gel sin SDS?
La migración de proteínas se vería influenciada por su carga neta intrínseca y su forma tridimensional, dificultando la comparación de movilidades.
p.11
Peptide Bond Formation
¿Qué fragmentos se esperan al incubar un polipéptido con la enzima proteolítica tripsina?
Se esperarían seis fragmentos, a menos que el residuo terminal sea Lys o Arg, en cuyo caso habría cinco.
p.4
Peptide Bond Formation
¿Por qué los bioquímicos utilizan 110 en lugar de 138 para estimar el número de aminoácidos en una proteína?
El número 110 refleja la mayor proporción de aminoácidos pequeños en las proteínas, así como la pérdida de agua cuando se forma el enlace peptídico.
p.8
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Cómo afecta el grupo —NH3+ cargado positivamente al pKa del grupo —COOH de un aminoácido?
Estabiliza la forma ionizada negativamente cargada del grupo carboxilo, promoviendo la desprotonación y disminuyendo el pKa.
p.13
Homologs, Paralogs, and Orthologs
¿Cómo ayudan las secuencias de firma en la construcción de árboles evolutivos?
Permiten construir árboles evolutivos más elaborados basados en secuencias de proteínas.
p.10
Protein Purification Techniques
¿Por qué las moléculas más pequeñas eluyen después de las moléculas grandes en una columna de exclusión por tamaño?
Las moléculas más pequeñas pueden entrar en los poros de las perlas de polímero, mientras que las más grandes son excluidas, lo que hace que las más pequeñas tengan un camino más largo a través de la columna.
p.7
Amino Acids Containing Sulfur
¿Cuáles son las cinco agrupaciones principales de aminoácidos?
1) Alifáticos no polares; 2) Polares, no cargados; 3) Aromáticos; 4) Cargados positivamente; 5) Cargados negativamente.
p.11
Protein Structure Levels
¿Qué es la estructura primaria de una proteína?
Es la secuencia única de aminoácidos y los puentes disulfuro presentes en su estructura nativa.
p.10
Mass Spectrometry in Protein Analysis
¿Cómo se puede usar el enfoque isoeléctrico junto con la electroforesis en gel SDS?
El enfoque isoeléctrico separa proteínas del mismo peso molecular según sus puntos isoeléctricos, y luego la electroforesis en gel SDS separa las proteínas con el mismo peso molecular.
p.4
Amino Acids Containing Sulfur
¿Cuál es la afirmación correcta sobre la composición de aminoácidos en las proteínas?
Las proteínas con diferentes funciones suelen diferir significativamente en su composición de aminoácidos.
p.8
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Por qué es muy soluble el aspartato en agua?
Porque tiene una cadena lateral polar (hidrofílica) que forma enlaces de hidrógeno con el agua.
p.1
Chirality of Amino Acids
¿Qué característica del carbono alfa de un aminoácido determina su quiralidad?
Está unido a cuatro grupos químicos diferentes.
p.10
Protein Purification Techniques
¿Qué propiedad permite la separación de proteínas en la cromatografía de exclusión por tamaño?
Se basa en el tamaño de las proteínas.
p.2
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Qué carga neta tendrán los aminoácidos en solución a un pH por debajo del pI?
Tendrán una carga neta positiva.
p.8
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Por qué la fenilalanina es menos soluble en agua?
Porque tiene una cadena lateral no polar (hidrofóbica).
p.6
Protein Structure Levels
¿Qué causa las diferencias funcionales y estructurales entre dos enzimas diferentes de E. coli?
B) Secuencias de aminoácidos.
p.7
Amino Acids Containing Sulfur
¿Qué aminoácido no tiene un grupo amino libre?
L-prolina, que tiene un grupo imino formado por la ciclicidad de la cadena alifática.
p.6
Protein Structure Levels
¿Qué se requiere determinar incluso cuando se conoce la secuencia de nucleótidos de un gen?
C) La ubicación de los enlaces disulfuro.
p.12
Protein Structure Levels
¿Qué indica la presencia de dos subunidades en un análisis de SDS-PAGE después de tratar con ácido performico?
Que la proteína tiene dos subunidades unidas por uno o más enlaces disulfuro.
p.8
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Qué ocurre en la reacción de titulación alrededor del pH = 9.5?
El grupo —NH3+ se titula a —NH2 + H2O.
p.5
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Qué se necesita para determinar el punto isoeléctrico de una proteína?
Un gel que exhiba un gradiente de pH estable cuando los anfóteros se distribuyen en un campo eléctrico.
p.7
Mass Spectrometry in Protein Analysis
¿Cuál fue un avance importante en la aplicación de la espectrometría de masas a macromoléculas?
Desarrollar técnicas para superar la insolubilidad de macromoléculas en los disolventes utilizados.
p.6
Protein Structure Levels
¿Qué se recuperó tras la digestión del péptido nativo con cianógeno bromuro (CNBr)?
Un octapéptido y glicina libre.
p.7
Amino Acids Containing Sulfur
¿Qué caracteriza a los aminoácidos en proteínas naturalmente ocurridas?
Todos los aminoácidos tienen un grupo amino y un grupo carboxilo, además de un R-group que determina su naturaleza.
p.12
Protein Structure Levels
¿Cuál es el propósito del ditiotreitol en el análisis de proteínas?
Ruptura de enlaces disulfuro (—S—S—).
p.13
Homologs, Paralogs, and Orthologs
¿Qué sucede con las secuencias de firma en grupos evolutivamente distantes?
Están ausentes en esos grupos.
p.2
Peptide Bond Formation
¿Qué reacción ocurre en la titulación de valina en pK2 (pK2 = 9.62)?
—NH3⁺ + OH⁻ → —NH2 + H2O.
p.12
Peptide Bond Formation
¿Qué reactivo se utiliza para determinar la secuencia de aminoácidos de un péptido?
El reactivo de Edman (fenilisotiocianato).
p.9
Peptide Bond Formation
¿Cómo puede un polipéptido tener solo un grupo amino libre y un grupo carboxilo libre?
Solo si el péptido no tiene cadenas laterales con grupos carboxilo o amino.
p.4
Protein Structure Levels
En una mezcla de proteínas, ¿cuál debería eluir segundo en cromatografía de exclusión por tamaño?
Inmunoglobulina G (Mr = 145,000).
p.13
Homologs, Paralogs, and Orthologs
¿Qué son las 'secuencias de firma' en el análisis de proteínas?
Son secuencias presentes en un grupo taxonómico o compartidas por grupos taxonómicos cercanos, pero ausentes en grupos evolutivamente más distantes.
p.2
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Qué forma tendría la selenocisteína en una solución acuosa a pH 7.0?
Sería un zwitterión totalmente ionizado sin carga neta.
p.10
Protein Purification Techniques
¿Cómo se separa la proteína X de la proteína A?
Usando cromatografía de exclusión por tamaño.
p.11
Protein Structure Levels
¿Cuál es el uso del reactivo de Edman?
Se utiliza para determinar la secuencia de aminoácidos de un péptido, comenzando en su terminación amino.
p.11
Protein Structure Levels
¿Cuál es el propósito del reactivo de Sanger?
Se utiliza para determinar el aminoácido terminal amino de un polipéptido.
p.10
Protein Purification Techniques
¿Cuál es el principio de la cromatografía de intercambio iónico?
Separa proteínas en función de sus cargas.
p.1
Amino Acids Containing Sulfur
¿Qué forma toma la cistina?
Se forma cuando el grupo R —CH2—SH se oxida para formar un puente disulfuro —CH2—S—S—CH2— entre dos cisteínas.
p.3
Peptide Bond Formation
¿Cuántos enlaces peptídicos tiene el péptido alanylglycylalanylleucina?
C) cuatro enlaces peptídicos.
p.9
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Cuál es la característica ácido-base importante del grupo R de la histidina?
El anillo de imidazol tiene un pKa cercano al pH fisiológico (pKa = 6.0), lo que sugiere que puede proporcionar poder amortiguador.
p.12
Homologs, Paralogs, and Orthologs
¿Qué son los homologos, paralogs y orthologs?
Homologos son miembros de una familia de proteínas, paralogs son homologos en la misma especie, y orthologs son homologos en diferentes especies.
p.6
Protein Structure Levels
¿Cuál es la composición de un nonapéptido que se identificó tras la incubación con FDNB?
2,4-dinitrofenil-histidina.
p.7
Homologs, Paralogs, and Orthologs
¿Qué relación evolutiva se puede inferir de las secuencias de proteínas?
La proteína 4 revela la mayor divergencia evolutiva en comparación con las demás.
p.3
Peptide Bond Formation
¿Qué grupos libres tiene un octapéptido compuesto de cuatro unidades repetidas de glycylalanylleucina?
C) un grupo amino libre en un residuo de glycyl y un grupo carboxilo libre en un residuo de alanylleucina.
p.9
Peptide Bond Formation
¿Por qué son estables los enlaces peptídicos a pesar de que la hidrólisis es una reacción exergónica?
Porque la hidrólisis de los enlaces peptídicos tiene una alta energía de activación y ocurre muy lentamente.
p.8
Isoelectric Point and Zwitterions
¿Qué son los zwitteriones?
Son formas de aminoácidos que tienen carga positiva y negativa en equilibrio, especialmente cerca del pH 7.
