p.8
Data Analysis and Base Calling Algorithms
O que é a correção própria?
Usa abordagens baseadas em grafos para produzir sequências de consenso entre diferentes moléculas da mesma origem.
p.7
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais ferramentas são utilizadas para alinhamento de genomas?
minimap2, GraphMap, BWA-mem.
p.6
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais ferramentas de detecção de modificações de DNA seguiram a primeira ferramenta mencionada?
Nanopolish, signalAlign, mCaller, DeepMod, DeepSignal e NanoMod.
p.8
Challenges and Limitations of Nanopore Sequencing
Qual é a principal vantagem do minimap2 em relação a outros alinhadores?
Executa alinhamentos mais rápidos sem sacrificar a precisão.
p.4
Challenges and Limitations of Nanopore Sequencing
Qual é a desvantagem do sequenciamento direto de cDNA em aplicações clínicas?
Requer uma quantidade relativamente grande de material de entrada e mais tempo de preparação da biblioteca.
p.3
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual foi o comprimento médio de sequenciamento mais alto alcançado até 2019?
23.8 kilobases (kb) usando um protocolo específico de extração de DNA.
p.1
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Quais são algumas das aplicações do sequenciamento por nanopore?
Montagem de genomas, detecção de transcritos completos e diagnóstico clínico rápido.
p.5
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais são as etapas do desenvolvimento de métodos de chamada de base?
1) Chamada de base a partir de dados segmentados, 2) Chamada de base a partir de dados brutos, 3) Uso de um modelo flip-flop, 4) Treinamento de modelos personalizados.
p.6
Direct RNA Sequencing Techniques
O que ainda não foi demonstrado na detecção de modificações de RNA?
Detecção de modificações de RNA com resolução de nucleotídeos únicos em nível de molécula única.
p.1
Development and Evolution of Nanopore Sequencers
Qual foi um avanço crucial para o sequenciamento de nucleotídeos individuais?
A engenharia da proteína α-hemolisina para distinguir as quatro bases de DNA.
p.5
Bioinformatics Methods for ONT Data
Qual é a função do software Causalcall?
Usa uma rede temporal convolucional modificada para modelar características de sequência de longo alcance.
p.2
Challenges and Limitations of Nanopore Sequencing
Como fragmentos pequenos podem afetar o rendimento do sequenciamento?
Fragmentos pequenos podem diminuir o rendimento devido à maior eficiência de ligação de adaptadores e translocação.
p.8
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual é a precisão média do sequenciamento ONT?
Está melhorando, mas certas partes das leituras ainda têm baixa precisão.
p.7
Bioinformatics Methods for ONT Data
Qual ferramenta é utilizada para controle de qualidade em dados ONT?
NanoPack, LongQC, PycoQC.
p.3
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual foi o aumento do comprimento máximo de leitura de nanopore de 2017 a 2018?
Aumentou de menos de 800 kb para 2.273 Mb.
p.8
Data Analysis and Base Calling Algorithms
Como a correção híbrida funciona?
Usa leituras curtas de alta precisão para corrigir leituras longas por meio de alinhamento.
p.6
Bioinformatics Methods for ONT Data
Qual ferramenta foi confirmada como de alta precisão para a detecção de 5mC?
Nanopolish, Megalodon e DeepSignal.
p.1
Mechanism of Nanopore Sequencing
Como funciona a tecnologia de sequenciamento por nanopore?
Utiliza um poro de proteína em uma membrana polimérica que detecta correntes iônicas enquanto moléculas de DNA ou RNA passam através dele.
p.9
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Qual é a principal função da tecnologia de sequenciamento ONT?
Montagem de genomas, especialmente para fechar lacunas em genomas de referência.
p.9
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Como os dados ONT podem ser utilizados em análises de transcriptoma?
Para reconstruir isoformas de genes de comprimento total ou caracterizar eventos transcricionais complexos.
p.7
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais ferramentas são utilizadas para construção e quantificação de transcriptomas?
RATTL, CARNAC-LR, StringTie2.
p.2
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual é a velocidade de sequenciamento do R9.4?
Até 450 bases por segundo.
p.2
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Como o R10 e R10.3 melhoram a precisão com homopolímeros?
Possuem duas regiões de detecção (heads de leitura).
p.2
Bioinformatics Methods for ONT Data
Qual método é utilizado para gerar uma sequência de consenso em sequenciamento?
Sequenciar cada dsDNA várias vezes.
p.9
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Quais são os principais grupos de aplicações do sequenciamento ONT?
Pesquisa básica, uso clínico e aplicações no local.
p.2
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Quais métodos são usados para purificar DNA de alto peso molecular (HMW)?
Colunas de spin, colunas de fluxo gravitacional, beads magnéticas, entre outros.
p.8
Bioinformatics Methods for ONT Data
Por que a correção de erros é amplamente aplicada no sequenciamento ONT?
Para melhorar a sensibilidade e a qualidade dos resultados em análises posteriores, como montagem de genoma e identificação de isoformas de genes.
p.4
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual é a velocidade de sequenciamento atual do PromethION?
Cerca de 430 bases por segundo.
p.8
Data Analysis and Base Calling Algorithms
Quais são os dois tipos de algoritmos de correção de erros utilizados?
Correção própria e correção híbrida.
p.4
Direct RNA Sequencing Techniques
Quantas leituras o sequenciamento direto de RNA produz por flow cell do MinION?
Cerca de 1.000.000 de leituras (1-3 Gb).
p.4
Library Preparation for Sequencing
Quais são as etapas principais na preparação da biblioteca para sequenciamento ONT?
Extração de DNA HMW, síntese de cDNA, ligadura de adaptadores e sequenciamento.
p.7
Bioinformatics Methods for ONT Data
Qual ferramenta é utilizada para polimento de genomas?
Nanopolish, Racon, Medaka.
p.6
Bioinformatics Methods for ONT Data
Como a ONT se compara ao PacBio na detecção de 5mC e 6mA?
A ONT é melhor na detecção de 5mC, mas tem menor precisão na detecção de 6mA.
p.3
Direct RNA Sequencing Techniques
Quais são as duas estratégias para a preparação de bibliotecas de RNA?
Ligação direta do adaptador ao RNA nativo ou síntese de uma fita cDNA para obter um híbrido RNA-cDNA.
p.1
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Quais melhorias foram observadas na tecnologia de sequenciamento por nanopore?
Aumento na precisão, comprimento de leitura e rendimento.
p.3
Development and Evolution of Nanopore Sequencers
Qual é a velocidade de sequenciamento do MinION R9.4?
Cerca de 70 bases por segundo.
p.1
Development and Evolution of Nanopore Sequencers
Qual nanopore foi utilizado para melhorar a relação sinal-ruído?
A incorporação de enzimas processivas, como a polimerase phi29.
p.5
Bioinformatics Methods for ONT Data
Como a ONT permite a detecção direta de modificações em DNA e RNA?
Distinguindo os deslocamentos de corrente das bases não modificadas.
p.5
Development and Evolution of Nanopore Sequencers
Quais dispositivos ONT são mencionados para diferentes escalas de projeto?
MinION, GridION, PromethION, Flongle, VolTRAX, MinIT e SmidgION.
p.9
Bioinformatics Methods for ONT Data
O que é o IDP-denovo e qual é sua função?
Um montador de transcritos que realiza montagem de transcritos de novo usando leituras longas sem um genoma de referência.
p.9
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Quais são os principais benefícios do sequenciamento ONT?
Comprimento longo das leituras, capacidade de sequenciamento de moléculas nativas e portabilidade.
p.4
Direct RNA Sequencing Techniques
Qual é a principal vantagem do protocolo de sequenciamento direto de cDNA da ONT?
Evita o viés de amplificação por PCR.
p.6
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais modificações de DNA podem ser identificadas a partir dos dados da ONT?
5mC, 6mA e N4-metilcitosina (4mC).
p.3
Direct RNA Sequencing Techniques
Como os dispositivos ONT foram adaptados para sequenciar RNA?
Para sequenciar moléculas de RNA nativo diretamente, ligando o primer à extremidade 3' do RNA nativo.
p.5
Bioinformatics Methods for ONT Data
O que é a análise bioinformática de dados ONT?
É um processo que tem passado por melhorias contínuas, focando em melhor utilização do sinal de corrente iônica para chamadas de base, detecção de modificações de base e polimento pós-montagem.
p.8
Applications of Nanopore Sequencing in Research
O que é sequenciamento híbrido?
Métodos que combinam leituras longas e curtas para resolver problemas biológicos específicos.
p.9
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais ferramentas foram desenvolvidas para a detecção de variantes estruturais (SVs)?
NanoSV, Sniffles, Picky e NanoVar.
p.2
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Quais melhorias foram feitas no R9.4 para aumentar a precisão do sequenciamento?
Um mutante CsgG e uma nova enzima motora foram integrados ao R9.4.
p.3
Direct RNA Sequencing Techniques
O que é necessário para a preparação de bibliotecas de RNA nativo?
Ligação do primer à extremidade 3' e ligação direta do adaptador sem transcrição reversa convencional.
p.1
Challenges and Limitations of Nanopore Sequencing
Quais são os principais desafios do sequenciamento por nanopore?
Melhorar a qualidade dos dados e os métodos analíticos.
p.9
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Qual foi a primeira montagem de genoma humano sem lacunas realizada com ONT?
A montagem telômero-a-telômero do cromossomo X humano.
p.9
Applications of Nanopore Sequencing in Research
Quais são algumas das aplicações de sequenciamento ONT em doenças infecciosas?
Detecção rápida de patógenos e perfilagem de resistência antimicrobiana.
p.5
Bioinformatics Methods for ONT Data
O que é o software Nanoraw?
Um software integrado ao pacote Tombo para detecção de modificações em DNA e RNA.
p.2
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual é o limite superior para o comprimento das leituras de sequenciamento ONT?
Até 2.273 megabases (Mb).
p.4
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Quais são os fatores que influenciam a saída de dados de um flow cell da ONT?
Número de nanopores ativos, velocidade de translocação do DNA/RNA e tempo de execução.
p.7
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais são algumas ferramentas computacionais para análise de dados ONT?
Guppy, Metrichor, Nanonet, Albacore, Scrappie, Flappie, Taiyaki, Bonito.
p.4
Improvements in Sequencing Accuracy and Read Length
Qual foi o rendimento típico reportado pelos primeiros usuários do MinION?
Centenas de megabases por flow cell.
p.7
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais ferramentas são usadas para detecção de modificações de DNA?
Nanopolish, Megalodon, DeepSignal.
p.3
Challenges and Limitations of Nanopore Sequencing
Qual é a relação entre comprimento de leitura e rendimento na biblioteca de DNA genômico HMW?
Há um trade-off; o rendimento de sequenciamento é relativamente baixo.
p.4
Bioinformatics Methods for ONT Data
O que é o 'short read eliminator kit' mencionado no texto?
Um kit utilizado para eliminar leituras curtas durante a preparação da biblioteca.
p.1
Mechanism of Nanopore Sequencing
Qual é a função da proteína motora no sequenciamento por nanopore?
Controla a velocidade de translocação e tem atividade helicase para desenrolar moléculas de DNA de dupla fita.
p.2
Challenges and Limitations of Nanopore Sequencing
Qual é a principal dificuldade do R9.4 e R9.5 ao sequenciar?
Sequenciar longas sequências homopoliméricas.
p.9
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais montadores de transcritos foram desenvolvidos especificamente para leituras longas e propensas a erros?
Traphlor, FLAIR, StringTie2 e TALON.
p.6
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais análises bioinformáticas são típicas dos dados de sequenciamento da ONT?
Controle de qualidade, chamada de base e detecção de modificações de DNA/RNA.
p.6
Bioinformatics Methods for ONT Data
Quais são algumas das análises que podem ser realizadas com dados de sequenciamento da ONT?
Montagem de genoma de novo, haplotipagem, detecção de variações estruturais e análises de transcriptoma.
p.2
Development and Evolution of Nanopore Sequencers
O que caracteriza o método 1D2 introduzido pela ONT?
As fitas de DNA são ligadas separadamente a um adaptador especial.
p.2
Data Analysis and Base Calling Algorithms
Quais algoritmos melhoraram a precisão das leituras 1D?
Modelos de Markov ocultos (HMM), Nanocall e DeepNano.
