p.3
Caryotype humain et chromosomes
Que montre la photo de chromosomes étalés?
Elle montre les chromosomes des cellules somatiques humaines dispersés.
p.1
Dogme central de la biologie moléculaire
Quelles sont les deux façons dont l'ADN supporte l'information génétique?
Hérédité via la réplication et information fonctionnelle via la transcription et la traduction.
p.3
Caryotype humain et chromosomes
Combien de paires de chromosomes comportent les noyaux des cellules somatiques humaines?
23 paires de chromosomes.
p.1
Structure et fonction de l'ADN
Qu'est-ce que la réplication de l'ADN?
La réplication est le processus par lequel l'ADN est copié pour transmettre l'information génétique aux cellules filles.
p.2
Théorie chromosomique de l'hérédité
Qui a formulé la théorie chromosomique de l'hérédité et en quelle année?
Thomas Hunt Morgan en 1915.
p.4
Structure et fonction de l'ADN
Quelle est la structure de l'ADN?
L'ADN est composé d'une double hélice.
p.4
Structure et fonction de l'ADN
Comment les bases azotées sont-elles appariées dans la structure en double hélice de l'ADN?
Les bases azotées sont appariées de façon spécifique: Thymine avec Adénine, et Cytosine avec Guanine.
p.5
Structure et fonction de l'ADN
De quoi sont formés les 'barreaux' de la double hélice de l'ADN?
D'une paire de nucléotides liés par des ponts hydrogène.
p.5
Structure et fonction de l'ADN
Quelle technique a été utilisée par Franklin et Gosling pour obtenir l'image cristallographique de l'ADN?
La diffraction de rayons X.
p.12
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la traduction?
La synthèse d'un polypeptide à partir de l'ARN messager (mRNA).
p.9
Dogme central de la biologie moléculaire
Comment résume-t-on souvent le « dogme central »?
“L’ADN fait l’ARN fait la protéine”.
p.10
Dogme central de la biologie moléculaire
Quels transferts d'information sont considérés comme très invraisemblables selon Crick ?
Protéine → Protéine, Protéine → DNA, Protéine → RNA.
p.13
Séquençage et annotation des génomes
Que permet de visualiser le navigateur de génomes yeastgenome.org?
Des régions génomiques et leurs annotations.
p.13
Code génétique et dégénérescence
Que représente le rectangle ocre dans le schéma de la région codante du transcrit?
La région codante, qui s'étend du codon start au codon stop.
p.1
Structure et fonction de l'ADN
Quel est le rôle principal de l'ADN?
L'ADN est le support de l'information génétique.
p.3
Caryotype humain et chromosomes
Pourquoi les chromosomes sont-ils regroupés dans l'image de droite?
Pour mettre en évidence les paires homologues.
p.2
Théorie chromosomique de l'hérédité
Que portent les chromosomes selon les observations de Morgan?
Les caractères transmis de façon héréditaire.
p.4
Structure et fonction de l'ADN
De quoi sont essentiellement composés les chromosomes?
Les chromosomes sont essentiellement composés d'ADN.
p.8
Code génétique et dégénérescence
À quel niveau la dégénérescence du code génétique se manifeste-t-elle principalement?
La dégénérescence se manifeste essentiellement au niveau du troisième nucléotide de chaque codon.
p.7
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la traduction dans le contexte du code génétique?
La traduction est le processus par lequel les protéines sont synthétisées sur modèle de l'ARN.
p.12
Transcription et traduction
Quel ribosome est impliqué dans la traduction chez la levure?
Le ribosome 80S de levure (4V7R).
p.6
Structure et fonction de l'ADN
Comment Watson et Crick décrivent-ils leur modèle d'acide désoxyribonucléique?
Ils décrivent leur modèle comme une paire de modèles, chacun étant complémentaire de l'autre.
p.9
Dogme central de la biologie moléculaire
Quels transferts d'information sont impossibles selon le « dogme central »?
De protéine à protéine, ou de protéine à acide nucléique.
p.16
Gènes codants et non-codants
Les ARN servent-ils uniquement de modèle à la synthèse des protéines?
Non, il existe des ARN qui ne servent pas de modèle à la synthèse des protéines.
p.18
Transcription et traduction
Quelle enzyme est impliquée dans le complexe de pré-initiation de la transcription chez la levure?
La polymérase II de l'ARN de la levure.
p.21
Gènes codants et non-codants
Que contient le dernier exon du gène MB?
La fin de la région codante suivie du 3' UTR.
p.3
Caryotype humain et chromosomes
Qu'est-ce que signifie que les cellules somatiques sont diploïdes?
Chaque cellule comporte 2 copies de chaque chromosome (1 maternelle et 1 paternelle).
p.4
Structure et fonction de l'ADN
Que contient chaque chromosome?
Chaque chromosome contient une chaîne extrêmement longue d'acide désoxyribonucléique (ADN).
p.4
Structure et fonction de l'ADN
Quels sont les quatre types de bases azotées présentes dans l'ADN?
Adénine (A), Cytosine (C), Guanine (G), Thymine (T).
p.12
Dogme central de la biologie moléculaire
Quel est le modèle de base de l'expression des gènes?
L'ADN fait l'ARN fait la protéine.
p.6
Structure et fonction de l'ADN
Quel rôle joue chaque chaîne dans le modèle de Watson et Crick après la séparation?
Chaque chaîne sert de modèle pour la formation d'une nouvelle chaîne complémentaire.
p.9
Dogme central de la biologie moléculaire
Pourquoi le transfert de protéine à acide nucléique est-il impossible selon le « dogme central »?
En raison de la dégénérescence du code.
p.9
Dogme central de la biologie moléculaire
Quelle critique est souvent faite au « dogme central » par ceux qui n'ont pas lu sa formulation exacte?
Ils évoquent la transcription réverse (« RNA makes DNA ») et les modifications des prions (« protein changes protein »).
p.13
Transcription et traduction
Que représente la flèche dans le schéma du transcrit?
Le sens de la transcription.
p.16
Gènes codants et non-codants
De quoi est composé un ribosome?
Un assemblage complexe d'ARN et de protéines.
p.17
Séquençage et annotation des génomes
Quel outil permet de sélectionner différentes pistes d'annotation pour visualiser les gènes non-codants?
Le navigateur de génomes.
p.19
Dogme central de la biologie moléculaire
Quelle est la séquence de transformation de l'ADN à la protéine?
ADN fait l'ARN primaire fait l'ARN mature fait la protéine.
p.23
Transcription et traduction
Comment se déroulent la transcription et la traduction chez les procaryotes?
La transcription et la traduction se passent au même endroit et simultanément.
p.21
Transcription et traduction
Dans quel sens se fait la transcription du gène MB?
Sur le brin réverse, de droite à gauche.
p.24
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce qu'un opéron chez les prokaryotes?
Un transcrit incluant plusieurs gènes.
p.21
Transcription et traduction
Comment se compare la taille de l'ARN messager à celle du transcrit primaire?
L'ARN messager est beaucoup plus petit que le transcrit primaire.
p.27
Séquençage et annotation des génomes
Quelle nouvelle stratégie de séquençage a été proposée en 2007?
Le séquençage massivement parallèle.
p.32
Séquençage et annotation des génomes
Quelle est la caractéristique principale de la régulation des gènes chez les levures comme Saccharomyces cerevisiae?
La régulation est séparée pour chaque gène.
p.32
Séquençage et annotation des génomes
Comment se compare la complexité des génomes des plantes comme le maïs à celle des métazoaires?
Les plantes ont le même type de complexité que les métazoaires.
p.34
Bioinformatique et alignement de séquences
Pourquoi ne peut-on pas déterminer si la différence observée provient d'une insertion chez un ancêtre de SARS-CoV-2 ou d'une délétion chez un ancêtre de RaTG13?
Parce que l'analyse de cet alignement seul ne permet pas de distinguer l'origine de l'Indel.
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Quelle est la différence entre les fréquences d'hexanucléotides dans les régions codantes et non-codantes?
Les fréquences d'hexanucléotides diffèrent entre les régions codantes et non-codantes.
p.1
Dogme central de la biologie moléculaire
Quels sont les effecteurs moléculaires des fonctions biologiques?
Les protéines et certains ARN.
p.5
Structure et fonction de l'ADN
De quoi sont formés les 'montants' de la double hélice de l'ADN?
D'une chaîne de désoxyribose unie par des groupes phosphate.
p.7
Structure et fonction de l'ADN
Quels sont les quatre nucléotides distincts présents dans l'ARN?
Adénine, uracile, guanine et cytosine.
p.7
Code génétique et dégénérescence
Combien de triplets de nucléotides possibles existe-t-il et combien d'acides aminés spécifient-ils?
Il y a 64 triplets de nucléotides possibles mais 20 acides aminés.
p.12
Transcription et traduction
Quel complexe est impliqué dans la transcription chez la levure?
Le complexe de pré-initiation de la polymérase II de l'ARN de levure (8CEN).
p.12
Transcription et traduction
Quelle enzyme fermentative est mentionnée dans le processus de traduction?
La déshydrogénase alcoolique I de levure (4W6Z).
p.9
Dogme central de la biologie moléculaire
Quels transferts d'information sont possibles selon le « dogme central »?
D'acide nucléique à acide nucléique, ou d'acide nucléique à protéine.
p.13
Gènes codants et non-codants
Quel est le rôle de l'enzyme codée par le gène HOM3?
Elle catalyse la première étape de la biosynthèse de l'homosérine.
p.14
Séquençage et annotation des génomes
Comment sont orientés les gènes dans la région génomique de levure?
Sur l’un ou l’autre brin, sans logique apparente.
p.16
Gènes codants et non-codants
Quelle est l'erreur fréquente à éviter en ce qui concerne les gènes?
Ne prendre en considération que les gènes codants.
p.16
Gènes codants et non-codants
Quel est le rôle des microRNA?
Ils sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes.
p.17
Gènes codants et non-codants
Quelle est la fonction des snRNA (small nuclear RNA) produits par les gènes non-codants?
Les snRNA sont impliqués dans la régulation d'autres gènes.
p.18
Transcription et traduction
Quel complexe ribosomique est impliqué dans la traduction chez la levure?
Le ribosome 80S de la levure.
p.21
Gènes codants et non-codants
Sur combien d'exons s'étend le 5' UTR du gène MB?
Sur les 5 exons les plus à droite et la moitié du 6ème.
p.31
Séquençage et annotation des génomes
Quelle bactérie a le plus petit génome en termes de taille parmi celles listées?
Mycoplasma genitalium avec un génome de 0,6 Mb.
p.20
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la traduction?
La traduction est la synthèse d'un polypeptide à partir de la partie codante de l'ARN messager (mRNA).
p.20
Régulation de l'expression génique
Quels sont les sites alternatifs d'épissage?
Les sites alternatifs d'épissage permettent d'obtenir des transcrits multiples pour un gène.
p.31
Séquençage et annotation des génomes
Quel organisme a été publié en 1996 et a une taille de génome de 12 Mb?
Saccharomyces cerevisiae (Levure du boulanger).
p.33
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel outil web EMBOSS est utilisé pour l'alignement global?
Outil web EMBOSS : needle (acides nucléiques ou protéines).
p.2
Théorie chromosomique de l'hérédité
Quel est le titre du livre dans lequel Thomas Hunt Morgan a formulé la théorie chromosomique de l'hérédité?
Mécanismes de l'hérédité Mendélienne.
p.4
Structure et fonction de l'ADN
Où réside l'information génétique dans l'ADN?
L'information génétique réside dans la succession des bases azotées.
p.8
Code génétique et dégénérescence
Qu'est-ce que la dégénérescence du code génétique?
La dégénérescence du code génétique signifie que plusieurs codons correspondent à un même acide aminé.
p.7
Code génétique et dégénérescence
Combien d'acides aminés distincts forment les protéines?
20 acides aminés distincts.
p.7
Code génétique et dégénérescence
Qu'est-ce que la dégénérescence (ou redondance) du code génétique?
La dégénérescence du code génétique signifie que plusieurs codons spécifient le même acide aminé.
p.12
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la transcription?
La synthèse d'une molécule d'ARN à partir d'une région de l'ADN.
p.6
Structure et fonction de l'ADN
Que suggère l'appariement spécifique postulé par Watson et Crick?
Il suggère immédiatement un mécanisme possible de copie pour le matériel génétique.
p.10
Dogme central de la biologie moléculaire
Pourquoi la transcription réverse ne réfute-t-elle pas le dogme central selon Crick ?
Crick a expliqué que la transcription réverse ne réfute pas le dogme central en distinguant les différentes classes de transfert d'information.
p.13
Transcription et traduction
En quoi les transcrits alternatifs du gène HOM3 diffèrent-ils?
Par le site d'initiation de la transcription (TSS) et par le site de terminaison (TTS).
p.14
Séquençage et annotation des génomes
Que signifie le symbole '+' dans la notation des brins?
+ = D (direct) = W (Watson)
p.17
Gènes codants et non-codants
Combien de gènes d'ARN de transfert (tRNA) sont présents sur le chromosome V de la levure?
20 gènes d'ARN de transfert (tRNA).
p.18
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la traduction?
La synthèse d'un polypeptide à partir de l'ARN messager (mRNA).
p.18
Dogme central de la biologie moléculaire
Quel est le modèle de base simpliste de la biologie moléculaire?
L'ADN fait l'ARN fait la protéine.
p.19
Régulation de l'expression génique
Comment expliquer la différence entre la taille de l'ARN nécessaire et la taille du gène?
La différence est due à la présence d'introns dans le gène qui ne sont pas traduits en protéines.
p.22
Transcription et traduction
Qu'est-ce qu'un TSS alternatif?
Un site d'initiation de la transcription (transcription start site) alternatif.
p.25
Bioinformatique et alignement de séquences
Quelle base de connaissances fournit des informations sur l'opéron histidine d'Escherichia coli?
La base de connaissances EcoCyc (ecocyc.org).
p.25
Bioinformatique et alignement de séquences
Où peut-on trouver des informations détaillées sur l'opéron histidine d'Escherichia coli?
Sur le site ecocyc.org, en utilisant le lien ecocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG11269#TU.
p.27
Séquençage et annotation des génomes
Quelles sont les deux approches possibles pour analyser les fragments de séquences produits par le séquençage massivement parallèle?
Localisation sur un génome de référence s'il existe et assemblage de novo s'il n'y a pas de génome de référence.
p.20
Transcription et traduction
Qu'est-ce que l'épissage?
L'épissage est l'élimination de certains segments de l'ARN (introns) et le raboutage des autres segments (exons).
p.30
Transcription et traduction
Combien de cadres de lecture y a-t-il pour les séquences d'ADN ?
Il y a 6 cadres de lecture (3 sur chaque brin).
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Qu'est-ce qui a stimulé le développement de méthodes de séquençage automatique?
Les « projets génomes » ont stimulé le développement de méthodes de séquençage automatique.
p.2
Théorie chromosomique de l'hérédité
Quelle conclusion Morgan a-t-il tirée de ses observations sur les chromosomes?
Que les chromosomes sont le support physique des caractères héréditaires.
p.6
Structure et fonction de l'ADN
Quel impact Watson et Crick ont-ils discuté en 1953 concernant leur modèle d'ADN?
Ils ont discuté de l'impact de leur modèle pour comprendre les mécanismes de réplication de l’information génétique.
p.10
Dogme central de la biologie moléculaire
Quelles découvertes ont été affirmées comme réfutant le dogme central ?
La découverte de la transcription réverse et la découverte du prion.
p.10
Dogme central de la biologie moléculaire
Quels sont les transferts d'information pour lesquels on dispose d'indications directes ou indirectes selon Crick ?
DNA → DNA, DNA → RNA, RNA → Protéine, RNA → RNA.
p.10
Dogme central de la biologie moléculaire
Quels transferts d'information sont possibles mais sans aucune indication d'existence selon Crick ?
RNA → DNA, DNA → Protéine.
p.17
Gènes codants et non-codants
Quels types d'ARN non codants sont produits par les gènes non-codants du chromosome V de la levure?
ARN de transfert (tRNA), snRNA (small nuclear RNA), et ARN régulant d'autres gènes.
p.22
Transcription et traduction
Combien de transcrits alternatifs le gène de la myoglobine (MB) possède-t-il au moins?
Au moins 9 transcrits alternatifs.
p.22
Transcription et traduction
Que sont les exons facultatifs?
Des exons présents dans certains échantillons et absents dans d'autres.
p.22
Transcription et traduction
Qu'est-ce qu'un codon start alternatif?
Un codon start alternatif est un site alternatif où la traduction peut commencer.
p.24
Régulation de l'expression génique
Comment s'appelle le transcrit incluant plusieurs gènes chez les prokaryotes?
Un transcrit polycistronique.
p.24
Régulation de l'expression génique
Que se passe-t-il si le gène est codant dans un opéron?
Il est traduit en protéine.
p.27
Séquençage et annotation des génomes
Quelles améliorations techniques ont été suscitées par les premiers projets de séquençage génomique durant les années 1990-2000?
Robotisation et informatisation.
p.27
Séquençage et annotation des génomes
Que produit l'approche de séquençage massivement parallèle?
Des millions de petits fragments de séquences (typiquement 36 à 300bp).
p.26
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce qu'un opéron dans Escherichia coli?
Un opéron est une unité de gènes qui sont transcrits ensemble.
p.26
Régulation de l'expression génique
Que représente la hauteur des profils dans la figure de l'opéron histidine?
La hauteur des profils est proportionnelle au nombre de fragments de lecture localisés à chaque position.
p.26
Régulation de l'expression génique
Quelle est la source de la figure de l'opéron histidine d'Escherichia coli?
La figure est extraite de la base de connaissances EcoCyc (ecocyc.org).
p.20
Régulation de l'expression génique
Quels sont les sites alternatifs d'initiation et de terminaison?
Les sites alternatifs d'initiation et de terminaison permettent d'obtenir des transcrits multiples pour un gène.
p.33
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel algorithme est utilisé pour l'alignement local?
Algorithme de Smith-Waterman (1981).
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Qu'est-ce qu'une phase ouverte de lecture et que peut-elle indiquer dans un génome?
Une phase ouverte de lecture est une longue région sans codon stop, indiquant des régions vraisemblablement codantes.
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Quel signal est souvent trouvé juste avant une région codante chez les procaryotes?
Le motif appelé « boîte de Shine-Delgarno » (AGGAGGU), qui favorise la liaison du ribosome à l'ARN.
p.30
Transcription et traduction
Comment les séquences codantes (CDS) peuvent-elles être identifiées dans un génome ?
En cherchant le cadre ouvert de lecture le plus long à partir d’un codon start potentiel (ATG) et du prochain codon stop.
p.30
Transcription et traduction
Pourquoi tous les codons ATG ne sont-ils pas des codons start ?
Parce qu'il existe des méthionines internes aux protéines.
p.40
Séquençage et annotation des génomes
Comment les similarités entre une séquence traduite à partir d'ADN et des protéines connues peuvent-elles être utiles?
Elles constituent des indices pour la localisation de régions codantes et pour la fonction potentielle des nouvelles séquences.
p.8
Code génétique et dégénérescence
Comment la synonymie est-elle distribuée entre les codons?
La synonymie n'est pas distribuée au hasard entre les codons.
p.7
Transcription et traduction
Quelle est la différence principale entre la transcription et la traduction en termes de correspondance entre nucléotides et acides aminés?
Contrairement à la transcription, il n'y a pas de correspondance de un à un entre nucléotides et acides aminés.
p.7
Code génétique et dégénérescence
Qu'est-ce qu'un codon?
Un codon est une succession de 3 nucléotides qui spécifie un acide aminé.
p.6
Structure et fonction de l'ADN
Que se passe-t-il avant la duplication selon le modèle de Watson et Crick?
Les liaisons hydrogène sont rompues et les deux chaînes se déroulent et se séparent.
p.6
Structure et fonction de l'ADN
Quel est le résultat final de la duplication selon Watson et Crick?
On obtient deux paires de chaînes, alors qu'il n'y en avait qu'une auparavant, et la séquence des paires de bases est dupliquée exactement.
p.9
Dogme central de la biologie moléculaire
Quelle est la signification de « information » dans le contexte du « dogme central »?
La détermination précise de la séquence des bases dans l'acide nucléique ou des résidus aminoacides dans la protéine.
p.13
Transcription et traduction
Combien de transcrits alternatifs existe-t-il pour le gène HOM3?
Deux transcrits alternatifs.
p.18
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la transcription?
La synthèse d'une molécule d'ARN sur modèle, à partir d'une région de l'ADN.
p.23
Transcription et traduction
Que montre la photo en microscopie électronique d'un morceau de génome bactérien?
Elle montre plusieurs sites de transcription active (ARN) et, sur chaque ARN, plusieurs sites de traduction active (ribosomes).
p.21
Gènes codants et non-codants
Quelle proportion de l'ARNm est couverte par la partie codante?
Moins de la moitié de sa longueur.
p.26
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce que le gène b3207 (yrbL) dans l'opéron histidine?
Le gène b3207 (yrbL) est transcrit séparément de l'opéron.
p.26
Régulation de l'expression génique
Qu'indiquent les identifiants des gènes 'b#### à b####' dans la figure de l'opéron histidine?
Ils délimitent un opéron.
p.20
Transcription et traduction
Qu'est-ce que la transcription?
La transcription est la synthèse d'une molécule d'ARN à partir d'une région de l'ADN.
p.32
Séquençage et annotation des génomes
Comment sont structurés les génomes des bactéries comme Escherichia coli?
Les génomes des bactéries sont compacts, majoritairement codants et organisés en opérons.
p.32
Séquençage et annotation des génomes
Quels éléments sont fréquents dans les génomes des métazoaires?
Les éléments répétitifs et une structure complexe des gènes (exons/introns, éléments de régulation).
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Comment les fréquences de codons peuvent-elles aider à localiser les gènes dans un génome?
Les fréquences de codons sont caractéristiques des régions codantes.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Quel était le défi du séquençage de l'ADN avant les années 1990?
Le séquençage de l'ADN représentait un travail important, et un doctorant pouvait passer une partie significative de sa thèse à séquencer quelques kilobases pour caractériser un seul gène.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes complètement séquencés sont disponibles en libre accès en septembre 2024?
Plusieurs centaines de milliers de génomes complètement séquencés sont disponibles en libre accès.
p.38
Bioinformatique et alignement de séquences
Que représente la ligne entre les séquences 'Query' et 'Sbjct'?
Elle indique les correspondances entre acides aminés.
p.40
Transcription et traduction
Quelle est la séquence nucléique donnée dans l'exemple?
ATTGTGAGTCCTGATGATGGT et TAACTCTCAGGACTACTACCA.
p.40
Transcription et traduction
Quels sont les résultats de la traduction sur les 6 phases pour la séquence TAACTCTCAGGACTACTACCA?
F6: X T L G S S P, F5: X Q S D Q H H, F4: N H T R I I T.
p.14
Séquençage et annotation des génomes
Que peut-on observer en dézoomant sur la région génomique de levure?
La disposition des gènes dans la région génomique avoisinante.
p.14
Séquençage et annotation des génomes
Que signifie le symbole '-' dans la notation des brins?
- = R (réverse) = C (Crick)
p.18
Transcription et traduction
Quelle enzyme fermentative est mentionnée dans le processus de traduction?
La déshydrogénase alcoolique I de la levure.
p.23
Transcription et traduction
Où se déroulent la transcription et la traduction chez les eucaryotes?
La transcription se fait dans le noyau et la traduction dans le cytoplasme.
p.21
Gènes codants et non-codants
Quel gène est représenté dans cette figure?
Le gène MB, codant pour la myoglobine.
p.24
Régulation de l'expression génique
Quelles sont les régions présentes dans un transcrit polycistronique?
Régions codantes et régions non-traduites (UTR).
p.20
Transcription et traduction
Qu'est-ce que le clivage et la poly-adénylation?
Le clivage est la coupure de l'ARN primaire dans la région 3', suivi de l'ajout d'une queue poly-A pour stabiliser l'ARN.
p.20
Régulation de l'expression génique
Quel est le rôle des régions non traduites (UTR) aux extrémités 5' et 3' de l'ARNm?
Les régions non traduites (UTR) jouent un rôle dans la stabilité de l'ARN et dans la régulation de la traduction.
p.31
Séquençage et annotation des génomes
Quel organisme a le plus grand nombre de gènes parmi ceux listés?
Zea mais (Maïs) avec 50 000 gènes.
p.32
Séquençage et annotation des génomes
Quelle est la différence entre les exons et les introns chez les levures?
Les exons et introns peuvent être occasionnels ou fréquents selon l'espèce.
p.32
Séquençage et annotation des génomes
Quelle est la proportion de séquences codantes dans les génomes des métazoaires comme les humains?
La majorité des séquences sont non codantes.
p.33
Bioinformatique et alignement de séquences
Quelle est la principale différence entre l'alignement global et l'alignement local?
L'alignement global inclut les deux séquences complètes, tandis que l'alignement local est restreint aux segments conservés.
p.37
Structure et fonction de l'ADN
Quels acides aminés sont classés comme hydrophobes?
Valine, Isoleucine, Leucine, Méthionine
p.37
Structure et fonction de l'ADN
Quels acides aminés sont classés comme aromatiques?
Tyrosine, Phénylalanine, Tryptophane
p.40
Transcription et traduction
Que peut-on déduire d'une séquence nucléique?
La séquence de la protéine qui pourrait être produite par sa traduction sur chacun des 6 brins.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Pourquoi certains génomes additionnels ne sont-ils pas accessibles au public?
Un grand nombre de génomes additionnels ont été séquencés par des compagnies et ne sont pas accessibles au public.
p.30
Transcription et traduction
Pourquoi les introns chez les eucaryotes peuvent-ils compliquer l'identification des cadres ouverts de lecture ?
Parce que les introns n’ont pas forcément une longueur multiple de 3, une protéine peut donc combiner des cadres ouverts de lecture situés sur différentes phases de la séquence génomique.
p.44
Régulation de l'expression génique
Quels concepts seront développés dans les cours de génétique et de biologie moléculaire?
Les notions de base concernant la régulation génétique.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes de protozoaires sont disponibles au NCBI au 31/07/2024?
83 génomes de protozoaires.
p.43
Séquençage et annotation des génomes
Pourquoi l'assignation de fonction par similarité est-elle considérée comme une inférence approximative?
Parce qu'on ne peut pas définir un seuil d'identité ou de similarité permettant d'inférer sans ambiguïté que deux protéines ont la même fonction.
p.22
Transcription et traduction
Quel transcrit est majoritaire pour le gène de la myoglobine (MB)?
Le transcrit du haut est majoritaire.
p.25
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce que l'opéron histidine d'Escherichia coli?
L'opéron histidine d'Escherichia coli est une structure génétique impliquée dans la biosynthèse de la L-histidine.
p.25
Régulation de l'expression génique
Quelle est la fonction principale de l'opéron histidine d'Escherichia coli?
Il est impliqué dans la voie métabolique de biosynthèse de la L-histidine.
p.25
Régulation de l'expression génique
Quelle est la voie métabolique associée à l'opéron histidine d'Escherichia coli?
La voie métabolique de biosynthèse de la L-histidine.
p.26
Régulation de l'expression génique
Que signifient les couleurs vert et violet dans la figure de l'opéron histidine?
Le vert indique les régions transcrites sur le brin positif et le violet indique les régions transcrites sur le brin négatif.
p.26
Régulation de l'expression génique
Qu'indique la couleur cyan dans la figure de l'opéron histidine?
La couleur cyan indique les gènes, avec une flèche montrant leur orientation.
p.33
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel algorithme est utilisé pour l'alignement global?
Algorithme de Needleman-Wunsch (1970).
p.33
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel outil web EMBOSS est utilisé pour l'alignement local?
Outil web EMBOSS : water (acides nucléiques ou protéines).
p.30
Transcription et traduction
Qu'est-ce qu'un cadre de lecture ouvert (ORF) ?
Un segment de séquence nucléique qui n’est pas interrompu par un codon stop (TAG, TGA ou TAA) dans une phase de lecture donnée, et est donc 'ouvert' à la traduction.
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Qu'est-ce que le transcriptome et comment est-il utilisé pour localiser les gènes?
Le transcriptome est la localisation de toutes les régions génomiques transcrites dans différents tissus.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Quel est le degré de finition des génomes disponibles?
Le degré de finition de ces génomes varie d’un groupe à l’autre.
p.38
Bioinformatique et alignement de séquences
Que sont les identités dans un alignement de séquences?
Les identités sont les acides aminés identiques entre les séquences alignées.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes de métazoaires – autres vertébrés sont disponibles au NCBI au 31/07/2024?
399 génomes de métazoaires – autres vertébrés.
p.42
Bioinformatique et alignement de séquences
Comment les résultats de BLAST sont-ils triés?
Par significativité statistique de la similarité de séquence, les séquences les plus similaires viennent en premier.
p.43
Séquençage et annotation des génomes
Pour quelle section d'Uniprot l'assignation de fonction par similarité est-elle principalement utilisée?
Pour la section Unreviewed (TrEMBL).
p.35
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifie une barre verticale « | » dans l'alignement des séquences protéiques?
Identité : les deux résidus alignés sont identiques.
p.43
Séquençage et annotation des génomes
Quel est un exemple de limitation de l'assignation de fonction par similarité?
Quelques changements d'acides aminés dans le site actif d'une enzyme peuvent suffire à changer sa spécificité de substrat ou de produit, même si le taux global d'identité ou de similarité reste très élevé.
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel type de recherche de similarité est effectué après la traduction des séquences nucléotidiques?
Une recherche de similarité “protéine versus protéine”.
p.49
Séquençage et annotation des génomes
Que contient la base de données GTEx?
Les profils transcriptomiques (quantification de tous les ARN produits par un génome) à partir d’échantillons prélevés dans 54 tissus chez environ 1000 individus.
p.48
Séquençage et annotation des génomes
Quel est l'objectif principal du projet GTEX (Adult Genotype Expression) ?
Collecter des échantillons de 54 tissus chez 1000 individus, extraire l'ARN, et effectuer le séquençage et la quantification dans chaque tissu (RNA-seq).
p.48
Régulation de l'expression génique
Quels sont les tissus où le gène HOX1A (gène de spécification segmentaire) est exprimé ?
Vessie, muqueuse de l'œsophage, ovaire, peau, rate, intestin.
p.46
Régulation de l'expression génique
Comment la répression par occupation du promoteur fonctionne-t-elle?
Elle empêche l'ARN polymérase d'accéder à l'ADN, comme le font de nombreux répresseurs bactériens.
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Comment la recherche de similarité avec des gènes connus peut-elle aider à localiser les gènes dans un génome?
En comparant une séquence génomique avec des séquences déjà connues pour détecter des correspondances.
p.37
Bioinformatique et alignement de séquences
Quelle est la matrice utilisée pour évaluer les substitutions entre acides aminés?
Matrice de substitutions entre acides aminés
p.38
Bioinformatique et alignement de séquences
Qu'est-ce qu'une substitution 'conservative'?
C'est une paire de résidus distincts dont la substitution est généralement moins délétère que pour d'autres paires de résidus.
p.38
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifie 'positives' dans le contexte de l'alignement de séquences?
Les 'positives' incluent les identités et les substitutions conservatives.
p.42
Bioinformatique et alignement de séquences
Qu'est-ce que BLAST permet de chercher dans une base de données?
Toutes les séquences similaires à une séquence d’intérêt (requête).
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Que représentent les lignes et les colonnes dans une matrice de substitution?
Chaque ligne et chaque colonne représente l'un des résidus (4 nucléotides, 20 acides aminés).
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Que représente le triangle inférieur dans une matrice de substitution?
Le triangle inférieur correspond à des substitutions.
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifient les scores négatifs dans une matrice de substitution?
Les scores négatifs sont considérés comme des pénalités associées à certaines substitutions qu’on observe rarement dans les alignements.
p.35
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifie un point « . » dans l'alignement des séquences protéiques?
Substitution non-conservative : cette paire de résidus distincts a un score négatif dans la matrice de substitution.
p.47
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce qu'un site de liaison de Gal4p?
Un site de liaison de Gal4p est une dyade spécifique sur l'ADN.
p.45
Régulation de l'expression génique
Quels sont les deux domaines principaux d'un activateur transcriptionnel?
Le domaine d'activation et le domaine de liaison à l'ADN.
p.45
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce qu'un enhancer?
Une séquence d'ADN qui peut augmenter la transcription d'un gène lorsqu'elle est liée par un activateur transcriptionnel.
p.49
Séquençage et annotation des génomes
Quels indices peuvent apporter les profils transcriptomiques pour des gènes de fonction inconnue?
La localisation des exons et une fonction potentielle pour les gènes concernés.
p.48
Régulation de l'expression génique
Dans quel tissu le gène MYH1 (myoglobine) est-il principalement exprimé ?
Dans le muscle squelettique.
p.46
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce que la titration de l'activateur dans la répression transcriptionnelle?
Un répresseur forme un dimère avec un activateur, ce qui empêche ce dernier de se lier au site de liaison des facteurs de transcription (TFBS), comme dans le cas de la Drosophile Helix-loop-helix.
p.52
Bioinformatique et alignement de séquences
Qu'est-ce qu'un interactome?
L'ensemble des interactions entre protéines d’un système biologique (organisme, tissu, échantillon).
p.55
Séquençage et annotation des génomes
Pourquoi la structuration des classes ontologiques peut-elle paraître complexe au premier abord?
Parce qu'elle permet d'annoter chaque gène/protéine à un niveau plus ou moins détaillé de l'arborescence des termes de l'ontologie.
p.54
Séquençage et annotation des génomes
Quels sont les trois organismes modèles utilisés pour illustrer le concept de Gene Ontology?
Saccharomyces cerevisiae (levure du boulanger), Drosophila melanogaster (mouche à vinaigre), Mus musculus (souris).
p.54
Séquençage et annotation des génomes
Comment sont structurées les relations entre les termes dans la Gene Ontology?
Les relations hiérarchiques sont établies entre les termes, et les relations ascendantes ou descendantes peuvent être multiples.
p.50
Bioinformatique et alignement de séquences
Quels organismes sont comparés dans l'exemple fourni?
Différentes espèces eucaryotes (indiquées par les icônes à droite).
p.29
Séquençage et annotation des génomes
Qu'est-ce que la génomique comparative et comment aide-t-elle à localiser les gènes?
La génomique comparative consiste à comparer des génomes entiers pour localiser les gènes.
p.40
Code génétique et dégénérescence
Que se passe-t-il si une séquence nucléique n'est pas codante?
On s'attend à trouver des codons stop assez fréquemment (3 codons sur 64).
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes de bactéries sont disponibles au NCBI au 31/07/2024?
367 675 génomes de bactéries.
p.40
Transcription et traduction
Quels sont les résultats de la traduction sur les 6 phases pour la séquence ATTGTGAGTCCTGATGATGGT?
F1: I V S P D D G, F2: L * V L M M V, F3: C E S * * W X.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes de fungi (levures, champignons) sont disponibles au NCBI au 31/07/2024?
588 génomes de fungi (levures, champignons).
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Qu'est-ce qu'une matrice de substitution?
Une matrice de substitution associe un score à chaque paire de résidus qu'on peut trouver dans un alignement.
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Que représente la diagonale dans une matrice de substitution?
La diagonale correspond aux identités.
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Pourquoi le triangle supérieur n'est-il pas nécessaire dans une matrice de substitution?
Le triangle supérieur est symétrique au triangle inférieur, il n'est pas nécessaire d'indiquer les nombres.
p.43
Séquençage et annotation des génomes
Comment essaie-t-on de compléter l'assignation de fonction par similarité?
En combinant cette première phase des annotations avec des informations complémentaires fournies par d'autres approches.
p.47
Régulation de l'expression génique
Comment Pho4p et Gal4p interagissent-ils avec l'ADN?
Pho4p et Gal4p se lient à des sites spécifiques sur l'ADN pour réguler l'expression génique.
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel est l'exemple d'application pour une requête de protéine contre une base de données de protéines?
Détecter des homologues putatifs dans les bases de données Uniprot.
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel est l'exemple d'application pour une requête d'acide nucléique traduit contre une base de données d'acides nucléiques traduits?
Identifier des pseudo-gènes (gènes défectueux, avec de nombreux codons stop) pour une protéine d'intérêt dans un génome.
p.45
Transcription et traduction
Quel organisme est la source de la polymérase II de l'ARN utilisée dans l'étude?
Schizosaccharomyces pombe.
p.48
Régulation de l'expression génique
Quels sont les tissus où le gène HOXB9 (gène de spécification segmentaire) est exprimé ?
Côlon, intestin grêle, rein.
p.46
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce que la régulation allostérique dans la répression transcriptionnelle?
Un répresseur se lie à un activateur, ce qui altère la conformation de l'activateur et l'empêche d'interagir avec l'ARN polymérase, comme dans le cas de la levure Gal80p.
p.56
Transcription et traduction
Qu'est-ce que l'épissage?
L'épissage est le processus par lequel les introns sont excisés du pré-ARN pour produire l'ARNm mature.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
Que représente chaque point lumineux sur la première biopuce transcriptomique de DeRisi et al. (1997) ?
Chaque point lumineux correspond à un transcrit (ARN) de la levure du boulanger, Saccharomyces cerevisiae.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
Que signifie la couleur verte sur la biopuce transcriptomique ?
Les gènes sont sous-exprimés.
p.50
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel est l'objectif principal du ECR genome browser?
Comparer les régions génomiques conservées entre différentes espèces eucaryotes.
p.30
Transcription et traduction
Quels sont les codons start alternatifs chez Escherichia coli et leurs fréquences ?
ATG=85%, GTG=7,6%, TTG=1,2%.
p.38
Bioinformatique et alignement de séquences
Qu'est-ce qu'une substitution non conservative?
C'est une substitution entre des résidus qui ne sont pas similaires et qui peuvent avoir des effets délétères.
p.38
Bioinformatique et alignement de séquences
Que sont les 'gaps' dans un alignement de séquences?
Les 'gaps' sont des lacunes insérées dans une séquence afin d'optimiser l'alignement des fragments avoisinants.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes de métazoaires – mammifères sont disponibles au NCBI au 31/07/2024?
220 génomes de métazoaires – mammifères.
p.42
Bioinformatique et alignement de séquences
Quels types de séquences peuvent être analysés avec BLAST?
Des séquences nucléiques (blastn) ou peptidiques (blastp).
p.43
Séquençage et annotation des génomes
Quelle est la méthode principale d'annotation des génomes nouvellement séquencés?
L'assignation de fonction par similarité de séquences.
p.35
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel algorithme est utilisé pour l'alignement des séquences protéiques metL et thrA d'E.coli?
Algorithme Needleman-Wunsch.
p.47
Régulation de l'expression génique
Quel est le rôle de Pho4p chez la levure?
Pho4p est un facteur de transcription chez la levure.
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Que désigne le terme 'similarité' dans un alignement?
Le terme 'similarité' désigne les positions où se superposent des résidus ayant un score positif dans la matrice de substitution (identité ou substitution conservative).
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Quels types de séquences peuvent être utilisés avec BLAST?
Séquences peptidiques et nucléotidiques.
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel est l'exemple d'application pour une requête d'acide nucléique contre une base de données d'acides nucléiques?
Faire correspondre l'ARNm contre un génome.
p.45
Transcription et traduction
Qu'est-ce que le site de démarrage de la transcription (TSS)?
Le point sur l'ADN où la transcription commence.
p.56
Transcription et traduction
Quelle est la principale composante de la fraction cytoplasmique de l'ARN?
Les exons, après l'épissage.
p.57
Régulation de l'expression génique
Quelle est l'importance soulignée par Jacob et Monod dans leurs modèles de régulation de l'opéron Lac ?
L'importance des boucles de rétroaction.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
Que signifie la couleur jaune sur la biopuce transcriptomique ?
Les gènes sont fortement exprimés dans les deux échantillons.
p.44
Régulation de l'expression génique
Pourquoi est-il nécessaire de connaître la régulation génétique pour comprendre la structure des gènes et l'organisation des génomes?
Parce que la régulation génétique est essentielle pour comprendre la structure des gènes et l'organisation des génomes.
p.36
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifient les scores positifs dans une matrice de substitution?
Les scores positifs correspondent à des substitutions qu’on observe plus souvent que prévu, suggérant qu'elles sont moins dommageables et qualifiées de « substitutions conservatives » ou « mutations ponctuelles acceptées » (PAM).
p.47
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce qu'un site de liaison de Pho4p?
Un site de liaison de Pho4p est un oligonucléotide spécifique sur l'ADN.
p.45
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce qu'un activateur transcriptionnel?
Une protéine qui augmente la transcription d'un gène en se liant à une séquence spécifique de l'ADN.
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Quel est l'exemple d'application pour une requête d'acide nucléique contre une base de données de protéines?
Identifier un fragment de gène susceptible de coder pour un homologue d'une protéine d'intérêt.
p.49
Régulation de l'expression génique
Dans quels tissus la myoglobine est-elle fortement exprimée?
Dans les muscles squelettiques et cardiaques.
p.46
Régulation de l'expression génique
Qu'est-ce que la répression transcriptionnelle?
La répression transcriptionnelle englobe une variété de mécanismes moléculaires qui empêchent la transcription de l'ADN en ARN.
p.52
Bioinformatique et alignement de séquences
Comment les protéines interagissent-elles de façon transitoire?
En établissant des liaisons temporaires qui modifient leur niveau d’activité.
p.53
Séquençage et annotation des génomes
Qu'est-ce que le principe de culpabilité par association en annotation fonctionnelle?
Si l’on ignore la fonction d’un gène ou d’une protéine, mais qu’on constate qu’elle est fréquemment associée à des gènes ou protéines de fonction connue, on suppose qu’ils peuvent participer à une même fonction.
p.57
Régulation de l'expression génique
Quels sont les deux niveaux de régulation proposés par Jacob et Monod pour l'opéron Lac ?
Au niveau de la transcription et au niveau de l'ARN.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
À quoi est proportionnelle l'intensité lumineuse sur la biopuce transcriptomique ?
L'intensité lumineuse est proportionnelle au niveau d'expression.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
Qu'est-ce que la transcriptomique ?
La transcriptomique consiste à mesurer simultanément l'expression de tous les gènes d'un échantillon prélevé sur un organisme dans des conditions particulières.
p.50
Bioinformatique et alignement de séquences
Quels types de données sont visualisés dans le ECR genome browser?
Graphiques de conservation, alignements de séquences, et annotations génomiques.
p.28
Séquençage et annotation des génomes
Combien de génomes de métazoaires – invertébrés sont disponibles au NCBI au 31/07/2024?
404 génomes de métazoaires – invertébrés.
p.39
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifie une e-valeur >= 1 dans un résultat de BLAST?
Le résultat est peu fiable
p.43
Séquençage et annotation des génomes
Combien de séquences protéiques étaient connues dans la section Unreviewed (TrEMBL) d'Uniprot au 22 septembre 2024?
245 millions de séquences protéiques.
p.35
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifie un double point « : » dans l'alignement des séquences protéiques?
Substitution « conservative » : les deux résidus alignés sont différents mais similaires.
p.35
Bioinformatique et alignement de séquences
Que signifie un espace « » dans l'alignement des séquences protéiques?
Gap : les résidus d’une des deux séquences ne correspondent à aucun résidu sur l’autre.
p.41
Bioinformatique et alignement de séquences
Comment sont traduites les séquences nucléotidiques pour les comparaisons avec les séquences peptidiques?
Elles sont traduites dans les 6 phases de lecture (3 par brin).
p.45
Régulation de l'expression génique
Quelle est la fonction du domaine d'activation d'un activateur transcriptionnel?
Interagir avec d'autres protéines pour augmenter la transcription.
p.46
Régulation de l'expression génique
Comment fonctionne l'occupation des éléments cis-régulateurs dans la répression transcriptionnelle?
Elle implique une compétition pour le site de liaison des facteurs, comme dans le cas des facteurs GATA de la levure.
p.52
Bioinformatique et alignement de séquences
Comment les protéines interagissent-elles de façon stable?
En formant des complexes multimériques (plusieurs polypeptides).
p.55
Séquençage et annotation des génomes
Quels sont les processus parents de la voie métabolique de biosynthèse de l'histidine?
Métabolisme de la L-histidine, Biosynthèse des acides aminés lévogyres, Biosynthèse des acides aminés aromatiques, Biosynthèse des acides aminés protéogéniques.
p.56
Transcription et traduction
Qu'est-ce que l'ARN messager (ARNm)?
L'ARN messager concerne les gènes codant pour des protéines et inclut des parties non traduites aux extrémités 3' et 5' (UTR).
p.54
Séquençage et annotation des génomes
Quel est le but du vocabulaire contrôlé dans la Gene Ontology?
Définir une liste des termes standards pour éviter les ambiguïtés liées à des formulations différentes des mêmes concepts.
p.51
Régulation de l'expression génique
Quels sont les niveaux de contrôle moléculaire de l'expression des gènes chez tous les êtres vivants ?
Transcription, maturation de l'ARN, traduction, post-traduction.
p.47
Régulation de l'expression génique
Quel est le rôle de Gal4p chez la levure?
Gal4p est un facteur de transcription chez la levure.
p.45
Régulation de l'expression génique
Quelle est la fonction du domaine de liaison à l'ADN d'un activateur transcriptionnel?
Se lier à une séquence spécifique de l'ADN, souvent un enhancer.
p.49
Bioinformatique et alignement de séquences
Quelle est la fonction du UCSC Genome Browser?
Afficher les données de GTEx au regard des annotations génomiques.
p.45
Régulation de l'expression génique
Quel organisme est la source de Gcn4p, une protéine activatrice de la transcription?
Saccharomyces cerevisiae.
p.53
Séquençage et annotation des génomes
Pourquoi la dénomination 'culpabilité par association' est-elle ironique?
Parce que ce principe est invalide en matière juridique : on ne peut pas condamner quelqu’un pour la seule raison qu’il a fréquenté des personnes qui ont commis un délit.
p.56
Transcription et traduction
Qu'est-ce que le pré-ARN?
Le pré-ARN est le transcrit primaire, principale composante de la fraction nucléaire de l'ARN.
p.56
Transcription et traduction
Quels types d'ARN non codants existent?
Les ARN de transfert, les ARN ribosomiques, etc.
p.54
Séquençage et annotation des génomes
Quels sont les trois niveaux d'annotation définis par la Gene Ontology initiale?
Processus biologique, Fonction moléculaire, Composante cellulaire.
p.54
Séquençage et annotation des génomes
Comment chaque gène est-il annoté dans la Gene Ontology?
En l'attachant à un ou plusieurs termes de l'ontologie.
p.50
Bioinformatique et alignement de séquences
Qu'est-ce que le ECR genome browser?
Un outil pour visualiser les régions conservées chez les eucaryotes.
p.52
Bioinformatique et alignement de séquences
Quand plusieurs méthodes pour déterminer l'interactome ont-elles été mises au point?
Au début des années 2000.
p.53
Séquençage et annotation des génomes
Quels sont les critères d'association utilisés dans le principe de culpabilité par association?
Interactions physiques entre protéines détectées dans les interactomes, corrélation de présence/absence d’homologues dans les génomes/protéomes de différents organismes (profils phylogénétiques), corrélation entre profils transcriptomiques, inclusion dans le même opéron chez les procaryotes.
p.55
Séquençage et annotation des génomes
Quels sont les avantages de la structuration des classes ontologiques?
Elle permet d'annoter chaque gène/protéine à un niveau plus ou moins détaillé de l'arborescence des termes de l'ontologie.
p.56
Transcription et traduction
Les exons correspondent-ils aux parties codantes des gènes?
Non, les exons ne correspondent pas nécessairement aux parties codantes des gènes.
p.57
Régulation de l'expression génique
Quel est le modèle de base sous-jacent aux deux modèles de régulation de l'opéron Lac proposés par Jacob et Monod ?
Le contrôle négatif (répression) de l'expression des gènes.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
Que signifie la couleur rouge sur la biopuce transcriptomique ?
Les gènes sont sur-exprimés par rapport à l'échantillon témoin.
p.51
Séquençage et annotation des génomes
Quelle méthode de transcriptomique a été introduite en 2007 ?
La transcriptomique par séquençage massivement parallèle (RNA-seq).
p.50
Bioinformatique et alignement de séquences
Pourquoi les régions conservées sont-elles importantes en génomique comparative?
Elles peuvent indiquer des fonctions génétiques essentielles et des éléments régulateurs conservés.
